Por el Concello de Pereiro de Aguiar transcurren dos ríos el Miño y el Loña y multitud de pequeños arroyos como son O Pensos, O Prado, O Grañal etc. En lo que se refiere al Río Miño, está situado al NO del Concello, pasando por debajo de las tierras de Melias y Vilariño.

Su paso por estas tierras, no tiene tanta importancia como la del Río Loña, ya que este último atraviesa el Concello. Del río Miño podríamos decir que es un río español y portugués y que su longitud es de 340 km.Nace por la unión de varios arroyos en la  “Seña da Mina”  en la Provincia de Lugo, a unos 600. de altitud, dirigiéndose al Noreste para orientarse luego al Sureste y confluir con el Río Sil en los Peares. Pasa por Ourense y Ribadavia y forma frontera con Portugal desembocando en A Guardia. En su mayor parte se encuentra encajonado en el Macizo Granítico gallego.

El río Loña cruza Pereiro y por este motivo es más importante para el Concello que el Río Miño, aunque no pueda competir en caudal, poderío y grandeza. Nace al pie del monte A Moura en la parroquia de Loña do Monte (Nogueira de Ramuín) y baña las parroquias de Armariz, Rubiacós, Faramontaos, Covas, Lamela, Tibiás, Santa Marta y Velle, donde desemboca por la izquierda del río Miño. Sus afluentes son A Boca, Vernaus, Prado y Grande por la derecha, y Triós, O Grañal y Gaxela por la izquierda.